加強癌癥、罕見病等重大疾病防治，事關億萬群眾福祉。2月11日，國務院常務會議部署加強癌癥早診早治和用藥保障的措施，并決定從3月1日起，對首批21個罕見病藥品和4個原料藥，參照抗癌藥對進口環節減按3％征收增值稅，國內環節可選擇按3％簡易辦法計征增值稅。專業人士建議醫藥企業，應加強會計核算，增強稅務處理的合規性。

測算：進口環節稅負降幅明顯

對有罕見病藥品及其原料藥進口業務的醫藥企業來說，主動選擇適用簡易計稅辦法比較劃算。目前，我國罕見病藥品主要依賴于進口。因此，對大多數進口罕見病藥品的企業來說，選擇適用簡易計稅辦法或許更加合適。

舉例說明：假設甲醫藥進口經銷企業每年以800萬元的不含稅價格進口罕見藥品，再以1500萬元的不含稅價格銷售給醫院，在銷售過程中，共發生了100萬元的銷售費用。其中，50萬元成本費用按規定取得了抵扣憑證，其余50萬元則無法獲取抵扣憑證進行進項稅額抵扣。

在罕見藥品增值稅稅收優惠政策實施前，甲公司進口環節需繳納增值稅128萬元（800×16%），國內銷售環節需繳納增值稅總額104萬元，計算公式為1500×16%-（800+50）×16%，甲公司共繳納增值稅232萬元。新政策實施后，如果甲公司選擇適用簡易計稅辦法，進口環節需繳納增值稅24萬元（800×3%），國內銷售環節應繳納增值稅45萬元（1500×3%），甲公司共繳納增值稅69萬元，增值稅稅負將顯著下降。

小編在此提醒企業，選擇適用簡易計稅辦法的，36個月內不得變更。同時，增值稅一般納稅人適用簡易計稅辦法，需向主管稅務機關辦理備案。在網上辦稅服務廳提出備案申請，并在線提交相關材料，經主管稅務機關審核通過后，納稅人即可以在網上電子申報系統選擇簡易計稅簡易申報。

影響：罕見病藥品價格或降低

降低罕見病藥品和原料藥增值稅稅負，帶來的直接利好，就是罕見病藥品和原料藥有望降價。罕見病藥的價格有望顯著降低——這對醫藥行業及罕見病患者都將帶來利好。

為了鼓勵罕見病藥市場的發展，我國已經給予了一定的稅收優惠。2018年底，國務院關稅稅則委員會發布了《關于2019年進出口暫定稅率等調整方案的通知》（稅委會〔2018〕65號），自2019年1月1日起，對青霉胺、吡非尼酮、利魯唑和波生坦4類罕見病原料藥實施0%的進口商品暫定稅率。在2月19日下午舉行的國務院政策例行吹風會上，財政部稅政司負責人表示，在原有的稅收優惠基礎上，對首批21個罕見病藥品和4個原料藥，參照抗癌藥對進口環節減按3％征收增值稅，國內環節可選擇按3％簡易辦法計征增值稅，有利于保障罕見病患者的用藥需求，有利于支持罕見病藥品的研發創新，有利于進一步打開藥品降價空間。

選擇簡易計稅辦法后，醫藥銷售企業將不能抵扣罕見病藥品相關的增值稅進項稅額，每次交易都將全額計稅，這一定程度上可以引導罕見病藥品銷售減少中間環節和流通次數，進而間接減少每批次罕見病藥品的銷售費用，有利于控制罕見病藥品的銷售價格。

提醒：實操環節注意分別核算

專業人士提示醫藥企業，適用簡易計稅辦法后，要關注罕見病藥品的會計核算與稅務處理。

醫藥進口及銷售企業應單獨核算罕見病藥品的銷售額。在會計核算階段，應該把適用簡易計稅辦法的罕見病藥品及其原料藥，與適用一般計稅辦法的藥品區分開來，分別核算。未單獨核算的，將不得適用簡易征收政策。

對于外購原材料，到底是適用一般計稅辦法，還是適用簡易計稅辦法，如果劃分不清，需按照增值稅的相關規定，長沙公司注冊，計算不得抵扣的進項稅額，并作相應的轉出處理。這容易增加企業后續稅務管理的工作量，建議企業在前期核算階段就做好工作。

建議醫藥企業，在核算中還應重視發票管理。在適用罕見病藥品國內環節簡易計稅辦法的情況下，如果開具發票的對象為用藥終端的，則只能開具增值稅普通發票，如果是開給可以抵扣進項稅額的、符合條件的其他主體，則可以開具增值稅專用發票，但需注意的是，需按照3%征收率開具發票。