為加強自然人（以下簡稱個人）股東股權轉讓所得個人所得稅的征收管理，提高征管質量和效率，堵塞征管漏洞，根據《個人所得稅法》等規定，國家稅務總局5月28日下發《關于加強股權轉讓所得征收個人所得稅管理的通知》（國稅函[2009]285號），對有關問題予以明確。

　　一、先履行納稅義務再辦理股權變更登記手續
　　國稅函[2009]285號規定，股權交易各方在簽訂股權轉讓協議并完成股權轉讓交易以后至企業變更股權登記之前，負有納稅義務或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方應到主管稅務機關辦理納稅（扣繳）申報，并持稅務機關開具的股權轉讓所得繳納個人所得稅完稅憑證或免稅、不征稅證明，到工商行政管理部門辦理股權變更登記手續。股權交易各方已簽訂股權轉讓協議，但未完成股權轉讓交易的，企業在向工商行政管理部門申請股權變更登記時，應填寫《個人股東變動情況報告表》（表格式樣和聯次由各省地稅機關自行設計）并向主管稅務機關申報。

　　按照《公司登記管理條例》第31條規定：“公司變更股東的應當自股東發生變動之日起30日內申請變更登記，并應當提交新股東的法人資格證明或自然人的身份證明”。也就是說，股權交易各方在簽訂股權轉讓協議并完成股權轉讓交易以后至企業變更股權登記之前，負有納稅義務或代扣代繳義務的轉讓方或受讓方，應先到主管稅務機關辦理納稅（扣繳）申報，再持有關證明到工商行政管理部門辦理股權變更登記手續；如果已簽訂股權轉讓協議，但未完成股權轉讓交易的，發生股權變化公司在向工商部門辦理變更登記時，應當場填寫《個人股東變動情況報告表》，之后轉讓方或受讓方應及時就個人股權轉讓行為到地稅部門申報。

　　二、股權轉讓所得個人所得稅的計算及主管稅務機關
　　《個人所得稅法》及其實施細則規定，個人轉讓股權的所得屬于財產轉讓所得項目，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，并依20%稅率按次繳納個人所得稅。國稅函[2009]285號明確，對扣繳義務人或納稅人申報的計稅依據明顯偏低（如平價和低價轉讓等）且無正當理由的，主管稅務機關可參照每股凈資產或個人股東享有的股權比例所對應的凈資產份額核定。同時，國稅函[2009]285號還要求，主管稅務機關應按《個人所得稅法》和《稅收征收管理法》的規定，獲取個人股權轉讓信息，對股權轉讓涉稅事項進行管理、評估和檢查，判斷股權轉讓行為是否符合獨立交易原則，是否符合合理性經濟行為及實際情況，并對其中涉及的稅收違法行為依法進行處罰。

　　例：假設劉先生取得A公司股權時支付人民幣100萬元，現與B公司簽訂股權轉讓協議，要將其所持有的A公司股權作價人民幣250萬元轉讓給B公司。現行稅法規定，股權轉讓暫免征收營業稅及附加，但所訂立的股權轉讓協議屬產權轉移書據，立據雙方還應按協議價格（所載金額）的萬分之五繳納印花稅。則劉先生的該股權轉讓應繳交印花稅=

　　2 500 000×0.5‰＝1 250（元），應繳納個人所得稅=（2 500 000－1 000 000－1 250）×20%＝299 750（元）。

　　值得注意的是，《個人所得稅法》及《個人所得稅代扣代繳暫行辦法》規定，在股權轉讓中如發生應稅所得，以所得人為納稅義務人，以支付應稅所得的單位或個人為個人所得稅扣繳義務人。由于納稅義務人和扣繳義務人往往不在同一地，這里涉及主管稅務機關問題。國稅函[2009]285號明確，個人股東股權轉讓所得個人所得稅以發生股權變更企業所在地的地稅機關為主管稅務機關。納稅人或扣繳義務人應到主管稅務機關辦理納稅申報和稅款入庫手續。當然，根據稅法規定，扣繳義務人不得以不知道為由不履行扣繳義務，扣繳義務人依法履行代扣代繳稅款義務時，對不知道的涉稅情況應要求納稅人提供，納稅人不得拒絕；納稅人拒絕的，扣繳義務應及時報告稅務機關處理。另外還應注意，目前對股票轉讓所得暫不征收個人所得稅。

　　三、個人股東轉讓股權有關特殊問題的處理政策
　　1.以轉讓公司全部資產方式股權轉讓所得個人所得稅的征收。《國家稅務總局關于股權轉讓收入征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[2007]244號）規定，長沙工商代辦，全體股東以轉讓公司全部資產方式將股權轉讓給新股東，原股東取得的股權轉讓所得按“財產轉讓所得”項目征收個人所得稅。原股東根據持股比例先清收債權、歸還債務后，再對每個股東進行分配，原股東根據持股比例對股權轉讓收入、債權債務進行分配，原股東承擔的債務不包括應付未付股東的利潤。