根據(jù)規(guī)定：新辦企業(yè)的企業(yè)所得稅應(yīng)當由國稅機關(guān)征收管理。但對新辦貨運企業(yè)的企業(yè)所得稅則有所不同：《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）文第六條規(guī)定：“對2002年以后新辦的貨物運輸業(yè)代開票納稅人的所得稅，由代開票單位在代開貨物運輸業(yè)發(fā)票時統(tǒng)一代征稅款，并由地方稅務(wù)局統(tǒng)一入庫。”

　　國、地稅發(fā)票的管理權(quán)限是依據(jù)所管轄的稅種而確定的，交通運輸業(yè)屬于應(yīng)征營業(yè)稅范圍，所以運輸發(fā)票的主管稅務(wù)機關(guān)是地方稅務(wù)局。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）文規(guī)定：“按代開票納稅人管理的所有單位和個人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個人），凡按規(guī)定應(yīng)當征收營業(yè)稅，在代開貨物運輸業(yè)發(fā)票時一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預(yù)征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費。同時按開票金額3.3%預(yù)征所得稅，預(yù)征的所得稅年終時進行清算。”。也就是說，對自開票納稅人的企業(yè)所得稅，不論是新辦企業(yè)還是非新辦企業(yè)，由地稅機關(guān)在代開發(fā)票時，一律預(yù)征3.3%的企業(yè)所得稅。而“年終時進行清算”是否也應(yīng)當由地稅機關(guān)進行匯算請繳？

　　根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)新辦企業(yè)所得稅退稅問題的通知》（國稅函[2006]249號）：“由國家稅務(wù)局負責征收管理企業(yè)所得稅，但由地方稅務(wù)局負責代開貨物運輸發(fā)票并統(tǒng)一代征稅款的貨物運輸業(yè)代開票納稅人，其按照法律法規(guī)規(guī)定應(yīng)退的企業(yè)所得稅，退稅事項由主管國家稅務(wù)局辦理，可直接抵繳該納稅人次年應(yīng)納企業(yè)所得稅，也可在匯算清繳后辦理退稅，退稅額不超過納稅年度主管國家稅務(wù)局對其已征的企業(yè)所得稅稅額；超出部分，由代開貨物運輸發(fā)票的地方稅務(wù)局辦理退稅事項。但代開票納稅人實行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進行所得稅清算。”。

　　企業(yè)所得稅規(guī)定，企業(yè)所得稅實行按年計算，分月或者分季預(yù)繳，年度終了后四個月內(nèi)匯算清繳，對少繳的所得稅稅額，長沙工商代辦，應(yīng)在下一個年度內(nèi)繳納，多預(yù)繳的所得稅稅額，在下一個年度內(nèi)抵繳。從國稅函[2006]第249號文規(guī)定中可以看出：實行“查賬征收”的貨運企業(yè)的企業(yè)所得稅匯算清繳應(yīng)當由國稅機關(guān)進行。國稅機關(guān)經(jīng)匯算清繳后實行“多退少補”：少征稅款由納稅人向國稅機關(guān)補繳；多征稅款，應(yīng)當辦理退稅。但國稅機關(guān)辦理的退稅額是以國稅機關(guān)已征的企業(yè)所得稅為限，對國稅機關(guān)已征稅款不足以退稅的，從地方稅務(wù)局預(yù)征的企業(yè)所得稅中予以退還。其退稅程序為：由主管國家稅務(wù)局填制《退稅（抵稅）確認書》，并將應(yīng)退信息及時傳送給主管地方稅務(wù)局，地方稅務(wù)局憑《退稅（抵稅）確認書》依法辦理退稅手續(xù)。但對實行核定征收企業(yè)所得稅的，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈核定征收企業(yè)所得稅暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2000]38號）有關(guān)規(guī)定，對實行核定征收企業(yè)所得稅的納稅人，因代開貨物運輸發(fā)票而繳納的稅款，稅務(wù)機關(guān)不得予以退稅。

　　享受企業(yè)所得稅減免的貨運企業(yè)的退稅。因為代開票納稅人在代開貨運發(fā)票時，不論是減免稅戶還是非減免稅戶，一律按規(guī)定征稅。對屬于享受企業(yè)所得稅減免的納稅人，根據(jù)國稅發(fā)[2004]第88號文規(guī)定：“對在代開發(fā)票時已征收的屬于法律、法規(guī)規(guī)定的減征或者免征的城市維護建設(shè)稅及高于法律、法規(guī)規(guī)定的城市維護建設(shè)稅稅率征收的稅款，應(yīng)在下一征期由代開貨物運輸發(fā)票的地方稅務(wù)機關(guān)負責依法辦理退稅。”而“下一征期”為何時？國稅函[2006]第249號文規(guī)定“企業(yè)所得稅退稅事宜應(yīng)當是在每年匯算清繳時予以結(jié)算辦理。”。也就是說，對企業(yè)所得稅減免稅戶實行“先征后退”，并且由地稅機關(guān)直接依法辦理退稅。