財政部等三部委日前發布了《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》（財預[2008]10號）規定：屬于中央與地方共享收入范圍的跨省市總分機構企業繳納的企業所得稅，按照統一規范、兼顧總機構和分支機構所在地利益的原則，實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的處理辦法，總分機構統一計算的當期應納稅額的地方分享部分，25%由總機構所在地分享，50%由各分支機構所在地分享，另外25%按一定比例在各地間進行分配。

　　一、稅款預繳方法

　　（一）預繳方式。跨省市總分機構企業應根據核定的應納稅額，分別由總機構、分支機構按月或按季就地預繳。

　　（二）就地預繳。由總機構根據企業本期累計實際經營結果統一計算企業實際利潤額、應納稅額，并分別由總機構、分支機構分期預繳。

　　總機構在每月或每季終了之日起十日內，長沙代理記賬，按照以前年度（1- 6月份按上上年度，7- 12月份按上年度）各省市分支機構的經營收入、職工工資和資產總額三個因素，將統一計算的企業當期應納稅額的50%在各分支機構之間進行分攤（總機構所在省市同時設有分支機構的，同樣按三個因素分攤），各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫，所繳納稅款收入由中央與分支機構所在地按60：40分享。分攤時三個因素權重依次為0.35、0.35和0.3.當年新設立的分支機構第二年起參與分攤；當年撤銷的分支機構第二年起不參與分攤。

　　各分支機構分攤預繳額＝所有分支機構應分攤的預繳總額×該分支機構分攤比例

　　其中：

　　所有分支機構應分攤的預繳總額＝統一計算的企業當期應納稅額× 50%

　　該分支機構分攤比例＝（該分支機構經營收入／各分支機構經營收入總額）×0.35+（該分支機構職工工資／各分支機構職工工資總額）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30

　　以上公式中，分支機構僅指需要參與就地預繳的分支機構。

　　例、甲公司是東部某城市的一個企業，在全國設有A、B、C、D、E五個分公司。2008年三季度，各分支機構利潤總額如下：A分公司：800萬元，B分公司：600萬元，C分公司：－400萬元，D分公司：－300萬元，E分公司：1300萬元，總公司：6000萬元。2007年1-12月各分公司經營收入、職工工資和資產總額指標如附表1所示，計算各分公司2008年三季度預繳所得稅額。

　　[案例分析]：

　　（1）計算甲公司2008年3季度預繳所得稅額：

　　甲公司2008年3季度應納稅所得額＝

　　6000+800+600+（－400）+（－300）+1300＝8000萬元

　　甲公司2008年3季度應預繳所得稅額＝8000×25%＝2000萬元

　　（2）總公司就地預繳所得稅額：

　　甲公司就地預繳所得稅＝2000×25%＝500萬元

　　各分公司三項指標明細表

附表1 2007年1-12月 單位：萬元
分
公 經營收入 職工工資總額　 資產總額
司 金額 % 金額 % 金額 %
A 4500 27.27　900 25.21 8000 23.53
B 3500 21.21　720 20.17 6500 19.12
C 1200 7.27　 400 11.20 4000 11.76
D 800　 4.85 350 9.80 3500 10.29
E 6500 39.40 1200 33.62 12000 35.30
合計16500 100.0 3570 100.0 34000 100

　　（3）計算各分公司分攤比例：

　　A分公司分攤比例＝27.27%×0.35+25.21%×0.35+23.53%×0.3＝9.54%+8.82%+7.06%＝25.42%

　　B分公司分攤比例＝21.21%×0.35+20.17%×0.35+19.12%×0.3＝7.42%+7.06%+5.74%＝20.22%

　　C分公司分攤比例＝7.27%×0.35+11.20%×0.35+11.76%×0.3＝2.54%+3.92%+3.53%＝9.99%

　　D分公司分攤比例＝4.85%×0.35+9.80%×0.35+10.29%×0.3＝1.70%+3.43%+3.09%＝8.22%

　　E分公司分攤比例＝39.40%×0.35+33.62%×0.35+35.30%×0.3＝13.79%+11.77%+10.59%＝36.15%

　　（4）各分公司分攤預繳稅額：

　　各分公司預交所得稅總額＝2000×50%＝1000萬元

　　A分公司分攤預繳額＝1000×25.42%＝254.2萬元

　　B分公司分攤預繳額＝1000×20.22%＝202.2萬元

　　C分公司分攤預繳額＝1000× 9.99%＝99.9萬元

　　D分公司分攤預繳額＝1000× 8.22%＝82.2萬元

　　E分公司分攤預繳額＝1000×36.15%＝361.5萬元

　　（5）另外25%計500萬元由總公司預繳，按一定比例在各地間進行分配。