自2004年《國家稅務總局關于印發(fā)<稅務機關代開增值稅專用發(fā)票管理辦法（試行）>的通知》(國稅發(fā)〔2004〕153號，下文簡稱153號文)出臺，國家稅務總局將代開增值稅專用發(fā)票納入防偽稅控系統(tǒng)管理至今，隨著時間的推行，特別是營改增推行諸多新政以來，實務中代開增值稅專用發(fā)票出現(xiàn)幾項特例，現(xiàn)總結歸納如下：

　　1、“為非管轄范圍內(nèi)納稅人代開”的特例

　　153號文第二條規(guī)定：“本辦法所稱代開專用發(fā)票是指主管稅務機關為所轄范圍內(nèi)的增值稅納稅人代開專用發(fā)票，其他單位和個人不得代開。”該條款限定主管稅務機關只能為所轄范圍內(nèi)增值稅納稅人代開專用發(fā)票。實務中，已有特例。

　　2017年，國家稅務總局出臺《貨物運輸業(yè)小規(guī)模納稅人申請代開增值稅專用發(fā)票管理辦法》（國家稅務總局公告2017年第55號，以下簡稱55號公告）。公告第三條規(guī)定：“納稅人在境內(nèi)提供公路或內(nèi)河貨物運輸服務，需要開具增值稅專用發(fā)票的，可在稅務登記地、貨物起運地、貨物到達地或運輸業(yè)務承攬地（含互聯(lián)網(wǎng)物流平臺所在地）中任何一地，就近向稅務機關（以下稱代開單位）申請代開增值稅專用發(fā)票。”為進一步方便納稅人，結合運輸業(yè)跨區(qū)域經(jīng)營的行業(yè)特點，55號公告針對公路或內(nèi)河貨物運輸服務業(yè)小規(guī)模納稅人出臺可以在稅務登記地、貨物起運地、貨物到達地或運輸業(yè)務承攬地（含互聯(lián)網(wǎng)物流平臺所在地）中任何一地，不受主管稅務機關管轄范圍限制，就近申請代開增值稅專用發(fā)票。

　　這里需要提醒注意的是，55號公告明確納稅人在非稅務登記地申請代開增值稅專用發(fā)票，不改變主管稅務機關對其實施稅收管理；同時，增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)定期將納稅人異地代開發(fā)票、稅款繳納等數(shù)據(jù)信息清分至主管稅務機關。主管稅務機關應加強數(shù)據(jù)比對分析，對納稅人申請代開增值稅專用發(fā)票金額明顯超出其實際運輸能力的，主管稅務機關可暫停其在非稅務登記地代開增值稅專用發(fā)票并及時約談納稅人。經(jīng)約談排除疑點的，納稅人可繼續(xù)在非稅務登記地申請代開增值稅專用發(fā)票。

　　2、“自然人代開增值稅專用發(fā)票”的特例

　　153號文第五條：“本辦法所稱增值稅納稅人是指已辦理稅務登記的小規(guī)模納稅人（包括個體經(jīng)營者）以及國家稅務總局確定的其他可予代開增值稅專用發(fā)票的納稅人。”規(guī)定，申請代開專票的納稅人包括已辦證的小規(guī)模納稅人和其他總局規(guī)定可以代開納稅人；實務中已有“自然人可以代開增值稅專用發(fā)票”特例對應153號文“其他總局規(guī)定可以代開納稅人”這一兜底表述。

　　具體的，依據(jù)《國家稅務總局關于營業(yè)稅改征增值稅委托地稅局代征稅款和代開增值稅發(fā)票的通知》（稅總函〔2016〕145號）規(guī)定：“增值稅小規(guī)模納稅人銷售其取得的不動產(chǎn)以及其他個人出租不動產(chǎn)，購買方或承租方不屬于其他個人的，納稅人繳納增值稅后可以向地稅局申請代開增值稅專用發(fā)票。”

　　依據(jù)此條款，其他個人（也就是自然人）銷售其取得不動產(chǎn)或出租不動產(chǎn)，購買方或承租方不屬于其他個人的，可以申請代開增值稅專用發(fā)票。通俗點說，自然人銷售取得的不動產(chǎn)或者出租不動產(chǎn)，只要受票方不是自然人，都可以申請代開增值稅專用發(fā)票。

　　3、“匯總代開增值稅專用發(fā)票”的特例

　　依據(jù)《國家稅務總局關于個人保險代理人稅收征管有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第45號，以下簡稱45號公告）第三條：“接受稅務機關委托代征稅款的保險企業(yè)，向個人保險代理人支付傭金費用后，可代個人保險代理人統(tǒng)一向主管國稅機關申請匯總代開增值稅普通發(fā)票或增值稅專用發(fā)票。”

　　簡單點說，45號公告規(guī)定了一種特例，由受票方（保險企業(yè)）可以代替開票方（個人保險代理人），向稅務機關申請匯總代開增值稅專用發(fā)票。這一特例，也是從提高辦稅效率、節(jié)約辦稅成本的角度，破解實務中保險代理人眾多、代開發(fā)票耗時耗力這一難題。這里需要提醒注意的是，45號公告規(guī)定，證券經(jīng)紀人、信用卡和旅游等行業(yè)的也可以選擇匯總申請代開發(fā)票這一模式。

　　4、“小規(guī)模自開專票納稅人仍須代開專票”的特例