一、關于匯總納稅的通俗理解

　　按照國家稅務總局2012年57號公告的規定，在中國境內跨省級行政區域設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業。在年度終了后，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，長沙工商代辦，多退少補。

　　根據國家稅務總局2012年57號公告文第二條到第十五條，具體來說就是，匯算清繳時總機構統一計算出整個企業（包含分支機構）應納所得稅額后，由總分支機構之間先按50%各分一半，然后分支機構之間再根據經營收入、職工工資和資產總額三因素計算比例分配50%應納所得稅額。

　　由于在之前預繳階段，也是分別按50%在總部和分支機構預繳，因此匯算清繳階段實際上是按照上述稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

　　二、政策存在的爭議之處

　　任何一個政策往往有它的局限性，這個匯總納稅政策也一樣。有些特殊情形下，可能會導致在總分支機構稅額分配的不合理。

　　（一）稅收與總部經濟

　　案例1公司總部在北京，在各省有分公司。可能企業所有的生產經營活動都在分公司進行，北京總部卻分走了50%的所得稅。這就是為什么各地希望招商引進公司總部的原因，也只有這個辦法能解決這個問題。

　　（二）獨立納稅與事業部

　　案例2公司總部在北京，另外在重慶設置分公司一家。重慶分公司可能只完成總公司不到10%的業績，卻會分走50%的所得稅。這個是總部稅務機關不愿意看到的。解決這一問題，最簡單粗暴的方法就是，讓分公司在當地獨立申報納稅。

　　另一種辦法是總機構設立具有主體生產經營職能的部門。

　　這種具有主體生產經營職能的部門包括事業部、工程承包部、經營管理部等。只要該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的（不是獨立核算），可將該部門視同一個二級分支機構，按57號文件規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。

　　案例2中的北京總部除了在第一次分配中取得50%所得稅額外，在第二輪分支機構間分配時，通過將總部業務納入事業部等職能部門，從而有機會將大多數稅額分回北京總部。

　　三、分支機構能否在當地獨立匯算清繳和它是否獨立核算無關

　　分支機構是否獨立核算，只是會計核算辦法，不影響企業所得稅匯總繳納的規定。以2008年開始實施的《企業所得稅法》為標志，2008年之前企業所得稅納稅人是獨立核算的經濟組織，而2008年之后企業所得稅的納稅人是具有法人資格的經濟組織，甚至目前的所得稅法規很少提“獨立核算”。