《土地增值稅清算管理規程》（國稅發[2009]91號文）系國家稅務總局根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細則、《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則等有關稅收法律、行政法規的規定，結合房地產開發經營業務的特點而制定的部門規章，應是統領全國土地增值稅清算的基本綱領性文件，一切關于土地增值稅清算扣除的文件均應服從并服務于這個綱領性文件。在《規程》中除了對各項費用的扣除做了詳細的規定外，其還在第二十一條還以正列舉方式規定了審核扣除項目的6個基本原則：

　　第一項規定：在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。這一原則已經表明了即便成本費用實際發生，但是缺乏合法憑據仍不能扣除。就其字面蘊含的意思可以推定土地增值稅清算扣除要求應是“實際發生+合法憑證”，是對一種已然事件有條件的確認；而不應是對具有合法外表即“合法憑證”但卻屬于未然事件的確認，不應是“應發生+合法憑證”模式，而且更強調扣除在實際發生基礎上還必須堅持具備“合法憑證”。對于“應發生”這一未然事件，根據字面推理，即便取得了“合法憑證”，也是不應扣除的。也即本條主旨原則雖強調了“合法憑證”至高無上地位，但是其前提是以“實際發生”為基礎，并未堅持唯“合法憑證”論，這一推斷在第二項原則也有明確體現。

　　第二項規定：扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發生的。這一項規定，就很好地解決了如何貫徹“合法憑證”扣除的問題。根據本項規定，未發生的事項，長沙公司注銷，即便取得了合法憑證，也是不應扣除的。比如，房地產企業準備建設一個項目的某一部分如景觀水池，雖然未建設卻提前支付給了施工企業開拔費等類性質的預付款，或者因為定制了一批設備而繳納了定金或者預付款，這類事項即便定了合同并開具了發票甚至提前支付了款項，但業務并未實際發生，也是不能扣除的。即并非有合同有發票有資金流就一定屬于真實發生可以扣除。只有這個事件必須已經發生，即材料設備已經買來或者工程已經施工且均符合“合法憑證”金額，才具備扣除的可能性，而且還不一定可以完全扣除，因為還有一個合理性問題。如建筑工程成本還需要符合本地當期同期合理預算水平，否則，稅務機關仍是可以調整的。既然成本費用扣除實際上有這么多限制，沒發票等合法憑證一定不能扣除，有發票等合法憑證也不一定就能扣除。那么，“實際發生”的標準到底是什么？如果“合法憑證”所載事項確已實際發生且有據可查，是否還必須考慮是否支付費用呢？比如，經甲方、乙方、監理方工程師簽字確認《建筑工程進度表》所記載工作量與發票金額一致，且符合當地同期預算正常標準，是否還要考慮實際支付款項呢？這個“實際發生”的稅務口徑到底是什么呢？是以實際已經發生的材料設備采購或者建筑安裝實現工作量作為標準，即便未付款也判定為實際發生了成本費用；還是以根據合法憑證所載金額實際支付的材料設備采購款項或者建筑安裝款項作為標準；抑或是以實際收到并據以入賬的合法憑證為標準，而并不考慮是否實際支付，只要有合法憑證，即可判定為實際發生。這三個觀點在會計核算上均合理，哪一個更為妥當更為科學就需要進一步分析。

　　根據上述第一項、第二項的規定分析，我們可以直接否定最后一個觀點，即不能僅憑“合法憑證”扣除，因為他缺乏“實際發生”證明效力。那么，剩下來的兩個觀點，就既有有一致性，又有分歧。一致性是都承認必須實際發生且具有合法憑證，分歧即是“是否支付款項”。這個分歧在本條第三項、第四項、第五項、第六項規定中均找不到論證依據。其第三項規定“扣除項目金額應當準確地在各扣除項目中分別歸集，不得混淆”，強調的是“準確歸類”；第四項規定“扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用必須是在清算項目開發中直接發生的或應當分攤的”，強調的是相關性，成本費用必須對號入座；第五項規定“納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，或者同一項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤共同的成本費用”，強調的是“技術方法”，是核算手段技術問題；第六項規定“對同一類事項，應當采取相同的會計政策或處理方法。會計核算與稅務處理規定不一致的，以稅務處理規定為準”，強調的是技術手段的連貫性穩定性確定性，仍是強調技術手段，均未對是否支付這一分歧做出回應。因此，只能借助其他文件條款進行進一步分析。