某房地產集團有限公司（以下簡稱甲公司）于2009年10月10日報名參加競買異地某地塊，應當地國土局的要求書面承諾“中標后甲公司和境內乙公司以70%和30%股份出資設立M公司來開發建設該地塊”。同年11月11日，甲公司與國土局簽訂土地出讓合同，以20.5億元價格競得該地塊。12月12日甲公司與乙公司依約分別以70%和30%股份出資設立了M公司。12月22日，由國土局與甲公司、乙公司三方簽訂《土地出讓合同補充協議》，將土地受讓人依約變更為M公司。M公司為解決后續開發資金問題，2010年2月10日，引進丙公司作為投資人，甲、乙、丙簽署三方協議，甲、乙分別將持有M公司19%、10%的股權轉讓給丙公司，股權轉讓后，甲、乙、丙股權比例分別為51%、20%、29%。

2010年3月，M公司交齊土地出讓金后需辦理土地使用權證，前置程序是提交由地稅局出具的契稅完稅證明。在M公司向稅務機關申報契稅時，稅務人員提出：M公司的投資人是甲、乙、丙三家公司，與原書面承諾函“甲公司70%、乙公司30%”不符，即土地受讓人在拍地期間發生了股權轉讓，根據《關于招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權過程中有關契稅政策的通知》（×省財農稅字[2007]28號，以下稱28號文件）和《關于招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權有關契稅征收問題的通知》（×市財農［2009］805號，以下稱805號文件）規定，應視為發生了土地受讓人轉讓土地使用權，須分環節征收兩道契稅各3%。

28號和805號文件均規定：“同時符合以下兩個條件的，可按國有土地使用權一次出讓征收契稅：
1.競得人事先向國土管理部門申請約定準備成立新公司的；

2.競得人在新公司中的出資構成必須與事先向國土管理部門申請約定一致。

對不符合上述條件，土地競得人、《國有土地使用權出讓合同》簽訂人、國有土地使用權人不一致的，視為土地使用權轉讓，須分環節征收契稅。”

國土局也認為“M公司現有出資結構與事先向國土管理部門申請約定不一致”，應視為轉讓土地使用權征收契稅。

M公司認為，根據《關于企業改制重組若干契稅政策的通知》（財稅[2008]175號）第二條規定，在股權轉讓中，單位、個人承受企業股權，企業土地、房屋權屬不發生轉移，不征收契稅。

各方各執一詞。不交契稅無法辦理土地使用權證。為了解決重復繳納契稅，并保障工程順利開工，M公司委托一家稅務師事務所代理協調該納稅爭議。

【案例解析】

根據《土地出讓合同補充協議》約定，土地受讓人是M公司，而不是股東。無論M公司的股東如何變更，土地使用權均為M公司所有，只要土地使用權未發生轉讓，就無需再次繳納契稅。根據財稅[2008]175號文件第二條規定，股東變更不涉及土地權屬轉移，不征契稅。28號文件中規定的“競得人在新公司中的出資構成必須與事先向國土管理部門申請約定一致”，“新公司”應理解為首次辦理“工商注冊登記”，而不應當考慮其后發生的“工商變更登記”。M公司的土地受讓及股東變更，與省市文件并無沖突。此外，28號和805號文件中的上述規定與上位法相沖突，涉嫌違反《契稅暫行條例》，應予廢止。通過稅務師事務所與主管稅務機關的反復溝通，企業的意見最終得到稅務機關的認可。如今，上述兩個地方性文件也已相應廢止。

【基本案情2】

轉眼間到了2014年，故事繼續發生。M公司根據土地規劃要求，在上述地塊上開發了一幢五星級賓館，由于缺少酒店管理經驗，擬引進一家酒店管理公司參與經營管理，酒店管理公司要求將酒店用房產從M公司中獨立出來成立獨立法人的五星級酒店公司（以下簡稱N公司），酒店管理公司參股N公司30%，M公司決定采取存續分立，即原M公司依然存續，繼續經營住宅、寫字樓開發項目，分立后新設立的N公司主要經營住宿、餐飲。分立后，N公司的股東及持股比例與M公司保持一致。分立后，酒店管理公司再以增資擴股方式對N公司進行股權投資。

M公司按照公司分立的程序完成了一系列工作，包括股東會決議；M公司分立減資公告；資產評估；編制資產負債表及財產清單；簽訂分立協議；核準N公司名稱登記；修訂M公司章程；制定N公司章程；出具N公司驗資報告；辦理M公司工商變更登記、稅務變更登記；辦理N公司工商注冊登記、稅務注冊登記；M公司、N公司會計處理；企業所得稅特殊稅務處理備案等。

在辦理房地產權證過戶手續時，國土部門要求提供稅務部門出具的土地增值稅完稅或減免稅證明文件。M公司認為，公司分立房地產過戶過程中，未發生有償銷售不動產行為，不征土地增值稅，但稅務人員認為房產權屬發生了轉移，應視同銷售繳納土地增值稅。