一般來說，日常的稅務檢查主要針對的是當期納稅行為，在納稅人當期申報納稅過程中進行稅源真實性的評估，同時為稅務審計和稅務稽查提供選案對象。

　　稅務審計是一個復雜的過程，在納稅人納稅狀況存在問題時，對以往和現在納稅人的納稅情況作審核檢查，是更為全面和細致的審核，一般貫穿于整個稅收管理期間。

　　稅務稽查則是稅務機關代表國家依法對納稅人的納稅情況開展檢查、監督，具體包括日常稽查、專項稽查和專案稽查，是稅收管理工作中的執法活動。

　　稅收管理分為事前管理、事中管理和事后管理三部分。納稅評估屬于事中管理，稅務稽查屬于事后管理，稅務審計則貫穿于三個管理之中，但更強調事后管理。納稅評估和稅務審計為稅務稽查的選案提供參考，減少選案的盲目性。

　　納稅評估、稅務審計和稅務稽查均屬于稅收風險管理中的風險應對環節，目的都是促進納稅人和扣繳義務人依法納稅，提高稅法遵從度。并且，三者之間呈互補的關系：納稅評估作為稅收管理的第一道防線，是稅務審計和稅務稽查對象的主要來源之一，而稅務稽查是納稅評估和稅務審計的最終執法行動，同時為納稅評估和稅務審計系統的完善提供信息資源。

　　目前，很多稅務機關已建立納稅評估和稅務稽查的互動通道。在實際運作中，三者相互配合，起到了管查互動、以查促管和以查促收的作用。比如，遼寧省鞍山市地稅局實施稅負測算選案法，通過對轄區內納稅人分行業、分年度開展納稅評估，同時與稅務審計結合，測算出各行業的平均稅負水平，并以此作比較，篩選出明顯低于平均稅負的企業開展稽查，提高了案件查實率，查補入庫稅款數額逐年增加。這表明，納稅評估、稅務審計與稅務稽查相互配合、相互補充，能夠發揮更大的作用。

　　二、區別

　　雖然納稅評估、稅務審計與稅務稽查三者之間存在聯系，但三者的區別也是很明顯的。

　　一是目的不同。納稅評估主要是通過對納稅人當期稅源真實性的評估，提高納稅人依法履行納稅義務的能力，同時提高稽查選案的準確性。而稅務審計則是對被審單位當期和前期納稅的合法性、及時性和完整性開展審計，防止偷稅和避稅現象，促進納稅人提高稅法遵從度，完善公平市場競爭制度。稅務稽查的目的主要是查處偷稅、騙稅等稅收違法行為，保障稅收，促進依法納稅和稅收秩序的好轉。

　　二是主體和客體不同。納稅評估主要是由基層稅務機關的稅源管理部門和稅收管理員負責；客體主要是指當期管理范圍內的所有納稅人、扣繳義務人的納稅活動。稅務審計的主體主要是指經授權或政府委托的稅務機關；客體則不僅包括納稅人現在的涉稅經濟活動，還包括納稅人以前的涉稅經濟活動。由此可知，稅務審計的主體和客體范圍要遠大于納稅評估。稅務稽查由稅務稽查局負責，主體簡單明確；客體針對性較強，主要指有偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅和抗稅等稅收違法嫌疑的納稅人或扣繳義務人的各項活動。

　　正因為如此，在客體選擇上，三者適用不同的方法，一般來說計算機自動篩選、人工分析篩選和重點抽樣篩選適合納稅評估。循環選擇法、納稅大戶選擇法和行業選擇法適合稅務審計。而稅務稽查除了計算機選案分析外，其主要客體來源是由有關部門轉辦、上級交辦。

　　三是工作程序和工作地點不同。納稅評估的程序是，確定對象—實施分析—詢問核實—評估處理—反饋建議和維護更新稅源管理數據，這決定了納稅評估一般在稅務機關辦公場所開展。稅務審計和稅務稽查的程序要復雜得多，一般在稅務機關辦公場所和審計或稽查對象現場開展。尤為特別的是，稅務稽查是三者中唯一存在執行程序的活動。正因為如此，稅務審計和稅務稽查部門需要經常進入企業開展調查取證。

　　四是具體作用不同。服務是納稅評估的職能，評價、指導和管理是稅務審計的主要職能，長沙公司注銷，懲處、威懾和教育是稅務稽查的職能。在納稅行為處理上，納稅評估和稅務審計主要起到預警和監督檢查的作用，是非執法行為。稅務稽查主要通過懲處等打擊性措施起到執法作用。納稅評估是稅收管理的第一道防線，稅務稽查是最后一道防線，稅務審計貫徹于稅收征管的全過程，具有監督、審核納稅人的職能。