一、關于清算單位的確認
（一）政策依據
1.土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。（土地增值稅實施細則）
2.土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。（國稅發【2006】187號）
3.清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。（國稅發【2009】91號）

（二）個人理解
    對于房地產開發公司開發的商品房：有別墅，有高層，有多層住宅，有商鋪等不同類型的項目，應分期、分項目、分類型房作為清算單位。
 1.對于一個屬于常規開發業務的項目，在確認清算條件時，是以“五證”（建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、建設工程開業證、國有土地使用證、銷售許可證）為條件的，凡應獨立辦理“五證”的房地產開發項目，才是一個法定意義上的獨立開發項目。需要注意的是，對于房地產企業自定名稱的開發項目與法定名稱的開發項目不一致的情況，應以“五證”上登記的開發項目名稱作為土地增值稅清算單位。

 2.對于一些屬于非常規開發業務項目，由于沒有按程序取得“五證”，其清算單位的確認方法應根據實際開發情況，分別以單項開發項目、單位工程或單項工程為清算單位。
注：清算單位確認的不同，會使得稅負產生很大差異。

二、關于轉讓車庫或停車位的處理
（一）政策依據
1.轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物(以下簡稱轉讓房地產)并取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人。轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物并取得收入，是指以出售或者其他方式有償轉讓房地產的行為。不包括以繼承、贈與方式無償轉讓房地產的行為。（土地增值稅條例及細則）

2.“贈與”是指如下情況：
（1）房產所有人、土地使用權所有人將房屋產權、土地使用權贈與直系親屬或承擔直接贍養義務人的。

（2）房產所有人、土地使用權所有人通過中國境內非營利的社會團體、國家機關將房屋產權、土地使用權贈與教育、民政和其他社會福利、公益事業的。

上述社會團體是指中國青少年發展基金會、希望工程基金會、宋慶齡基金會、減災委員會、中國紅十字會、中國殘疾人聯合會、全國老年基金會、老區促進會以及經民政部門批準成立的其他非營利的公益性組織。（財稅【1995】48號）

（二）個人理解
根據房地產相關法律、法規等有關規定，開發項目建筑區劃內，規劃用于停放汽車的車位、車庫的歸屬，由當事人通過出售、附贈或者出租等方式約定。
1.凡房地產開發企業與購房人簽訂銷售合同，約定將上述車庫、車位的所有權出售給購房人的，取得的收入并入非普通住房轉讓收入；利用地下基礎設施形成的停車場所，房地產開發企業與購房人簽訂合同，將停車場所法律法規規定期限內的使用權轉移給購房人的，向購房人取得的收入視同房地產轉讓收入，并入非普通住房轉讓收入；

注：利用地下基礎設施形成的停車場所，作為公共配套設施計入扣除，多個（或分期）項目共同發生的公共配套設施費，按項目合理分攤。

2. 附贈的車庫、車位因未取得轉讓收入，按出售開發產品計算銷售收入。
3.房地產開發企業與購房人簽訂車庫、車位一定期限租賃使用權合同，其取得的租賃收入，不計入房地產轉讓收入。其相應的成本也不得扣除。

三、成本分攤問題的處理
(一)政策依據
1.納稅人成片受讓土地使用權后，分期分批開發、轉讓房地產的，其扣除項目金額的確定，可按轉讓土地使用權的面積占總面積的比例計算分攤，或按建筑面積計算分攤，也可按稅務機關確認的其他方式計算分攤。（土地增值稅實施細則）
注：“總面積”是指可轉讓土地使用權的土地總面積。在土地開發中，因道路、綠化等公共設施用地是不能轉讓的，這些不能有償轉讓的公共配套設施的費用是計算增值額的的扣除項目。因此，在計算轉讓土地的增值額時，按實際轉讓土地的面積占可轉讓土地總面積來計算分攤，即：可轉讓土地面積為開發土地總面積減除不能轉讓的公共設施用地面積后的剩余面積。（國稅函【1999】112號）
3.屬于多個房地產項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。（國稅發【2006】187號）
4.納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，或者同一項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤共同的成本費用。（國稅發【2009】91號）