新企業所得稅法實施后，財政部、國家稅務總局曾出臺財稅[2009]69號文《關于執行企業所得稅優惠政策若干問題的通知》，就企業所得稅優惠政策執行中的若干問題作了明確。根據財稅[2009]69號文，國家稅務總局于近期下發了國稅函[2010]157號文《關于進一步明確企業所得稅過渡期優惠政策執行口徑問題的通知》，就居民企業選擇適用稅率及減半征稅的具體界定、居民企業總分機構過渡期稅率等執行口徑作了進一步明確。

　　一、關于居民企業選擇適用稅率及減半征稅的具體界定問題。這里主要涉及到高新技術企業的所得稅優惠政策適用。這里又分為兩種情況：
　　（一）被認定為高新技術企業的居民企業，同時又處于國發[2007]39號文《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》規定的定期減免稅優惠過渡期。
　　根據國發[2007]39號文，自2008年1月1日起，原享受企業所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優惠的企業，新稅法施行后繼續按原稅收法律、行政法規及相關文件規定的優惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優惠的，其優惠期限從2008年度起計算。國發[2007]39號文附表“實施企業所得稅過渡優惠政策表”列舉了高新企業三種可享受減免稅過渡性優惠政策的情況：一是根據原《外商投資企業和外國企業所得稅法實施細則》，在國務院確定的國家高新技術產業開發區設立的被認定為高新技術企業的中外合資經營企業，經營期在10年以上的，經企業申請，當地稅務機關批準，從開始獲利的年度起，第1年和第2年免征企業所得稅；二是根據國發[2006]6號文《國務院關于實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006～2020年）若干配套政策的通知〉》，國家高新技術產業開發區內新創辦的高新技術企業經嚴格認定后，自獲利年度起2年內免征所得稅；三是根據原《外商投資企業和外國企業所得稅法實施細則》等文件，長沙工商代辦，對設在北京市新技術產業開發試驗區新技術企業自開辦之日起，三年內免征所得稅。經北京市人民政府指定的部門批準，第四至六年可按15%或10%的稅率，減半征收所得稅。

　　而根據新《企業所得稅法》第二十八條及其《實施條例》第九十三條，對擁有核心自主知識產權，并同時符合規定條件的國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率征收企業所得稅。也就是說，高新技術企業減按15%的稅率征收企業所得稅的優惠政策，其依據是新《企業所得稅法》第二十八條及其《實施條例》。

　　國發[2007]39號文規定，企業所得稅過渡優惠政策與新稅法及實施條例規定的優惠政策存在交叉的，由企業選擇最優惠的政策執行，不得疊加享受，且一經選擇，不得改變。財稅[2009]69號文進一步明確，這里所稱的“不得疊加享受”，只限于企業所得稅過渡優惠政策與企業所得稅法及其實施條例中規定的定期減免稅和減低稅率類的稅收優惠。企業所得稅法及其實施條例中規定的各項稅收優惠，凡企業符合規定條件的，可以同時享受。顯然，高新技術企業享受減按15%的稅率的政策與國發[2007]39號文規定的定期減免稅過渡期優惠政策不得疊加享受。基于此，國稅函[2010]157號文明確，居民企業被認定為高新技術企業，同時又處于國發[2007]39號第一條第三款規定享受企業所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優惠過渡期的，該居民企業的所得稅適用稅率可以選擇依照過渡期適用稅率并適用減半征稅至期滿，或者選擇適用高新技術企業的15%稅率，但不能享受15%稅率的減半征稅。

　　這里我們還需注意，并不是所有企業都適用上述規定。根據《企業所得稅法》第五十七條，只有本法公布前已批準設立的企業才可以享受過渡期優惠政策，而根據財稅[2007]115號文《關于<中華人民共和國企業所得稅法>公布后企業適用稅收法律問題的通知》，新稅法第五十七條第一款所稱“本法公布前已經批準設立的企業”，是指在2007年3月16日前經工商等登記管理機關登記成立的企業。

　　（二）居民企業被認定為高新技術企業，同時又符合軟件生產企業和集成電路生產企業定期減半征收企業所得稅優惠條件的。由于軟件生產企業和集成電路生產企業在新稅法實施前、后均享有所得稅減免政策，因此這里我們需要分別不同情況作具體分析：
　　1、新稅法實施前設立的經認定的軟件生產企業和集成電路生產企業。根據財稅[2000]25號文《關于鼓勵軟件產業和集成電路產業發展有關稅收政策問題的通知》，可自開始獲利年度起，第一年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。財稅[2009]69號文又規定，2007年底前設立的軟件生產企業和集成電路生產企業，經認定后可以按《財政部、國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅[2008]1號）的規定享受企業所得稅定期減免稅優惠政策。在2007年度或以前年度已獲利并開始享受定期減免稅優惠政策的，可自2008年度起繼續享受至期滿為止。也就是說，這類企業也可以享受過渡期優惠政策。如果這類企業在新稅法實施后又被認定為高新企業，根據國發[2007]39號文和財稅[2009]69號文，高新技術企業享受減按15%的稅率的政策與國發[2007]39號文規定的定期減免稅過渡期優惠政策同樣不得疊加享受。因此國稅函[2010]157號文規定，此類居民企業的所得稅適用稅率可以選擇適用高新技術企業的15%稅率，也可以選擇依照25%的法定稅率減半征稅，但不能享受15%稅率的減半征稅。