對善意取得虛開增值稅專用發票的所得稅管理是目前稅收征管實踐中的一大難點，在企業未能換來合法增值稅發票的情況下，其增值稅進項稅金自然是不予抵扣，但其購貨成本能否在所得稅前列支，常成為企業和稅務機關爭論的焦點，稅務機關現行不準予其在稅前列支的做法很難得到企業的理解且法律依據不夠充分。在當前新實施的所得稅法就稅前扣除而言比舊法在整體上放寬了限制的情形下，有必要就此問題進行新的研究，筆者在此就由新所得稅扣除原則談起，對善意取得虛開增值稅專用發票能否在所得稅前列支的問題進行初步的探討，以利于在稅收法規和征管實踐上徹底解決這一難題。

　　一、善意取得虛開增值稅專用發票的稅收管理現狀
　　（一）善意取得虛開的增值稅專用發票的含義
　　納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票，是指購貨方與銷售方存在真實的交易，且購貨方不知道取得的增值稅專用發票是以非法手段獲得的。所謂“善意”，是指購貨方在主觀上不具有偷稅或者騙取出口退稅的故意，沒有牟取非法利益的目的，即主觀上是非故意的。具體來說，包括兩層含義：一是購貨方自始至終不知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，即對銷售方的專用發票違法行為毫不知情；二是購貨方取得專用發票是為了實現良好、合法的目的，即依法抵扣進項稅款或者獲得出口退稅。

　　（二）善意取得虛開的增值稅專用發票的增值稅管理現狀
　　《國家稅務總局關于納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發[2000]187號）對納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票的增值稅處理進行了明確的規定。對于購貨方與銷售方存在真實的交易，銷售方使用的是其所在省（自治區、直轄市和計劃單列市）的專用發票，長沙工商代辦，專用發票注明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，且沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，對購貨方不以偷稅或者騙取出口退稅論處。但應按有關規定不予抵扣進項稅款或者不予出口退稅；購貨方已經抵扣的進項稅款或者取得的出口退稅，應依法追繳。購貨方能夠重新從銷售方取得防偽稅控系統開出的合法、有效專用發票的，或者取得手工開出的合法、有效專用發票且取得了銷售方所在地稅務機關或者正在依法對銷售方虛開專用發票行為進行查處證明的，購貨方所在地稅務機關應依法準予抵扣進項稅款或者出口退稅。 

　　關于納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款是否加收滯納金問題，2007年12月12日，國家稅務總局針對廣東省國稅局的請示，下發了《國家稅務總局關于納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批復》（國稅函[2007]1240號），明確規定不予加收滯納金。

　　（三）善意取得虛開的增值稅專用發票的所得稅管理現狀
　　對于外商投資企業和外國企業通過虛開增值稅專用發票購進的貨物所得稅處理問題，2003年2月9日，國家稅務總局針對廈門市國稅局的請示，下發了《國家稅務總局關于外商投資企業和外國企業通過虛開增值稅專用發票購進的貨物所得稅處理問題的批復》（國稅函[2003]112號）<全文廢止>。文件規定：根據《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》第十七條的規定，企業各項會計記錄必須完整準確，有合法憑證作為記賬依據。因此，如果企業不能依照規定取得合法購貨發票，無法確定其支付貨款的真實性和準確性，其購進貨物所支付的貨款，在計算企業應納稅所得額時，不得作為成本費用扣除；根據財政部《關于增值稅會計處理的規定》（[1993]財會字83號），企業繳納的增值稅（包括因取得虛開增值稅專用發票而被查補的增值稅）在計算企業應納稅所得額時，也不得作為成本費用扣除。

　　但是，國家稅務總局對于內資企業善意取得虛開的增值稅專用發票的所得稅處理問題卻一直沒有明確規定，由此導致各地在稅收征管實踐中執法不統一。如，《浙江省地方稅務局關于企業所得稅若干政策問題的通知》（浙地稅二[2001]3號）第六條規定“按照國家稅務總局國稅發[2000]187號文件規定，企業在生產經營過程中，善意取得虛開的增值稅專用發票，其購入商品實際支付的不含稅價款，在結轉成本時，準予稅前扣除”。2003年2月21日，江蘇省國稅局針對蘇州市國稅局的請示，下發了《江蘇省國家稅務局關于納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票有關問題的批復》（蘇國稅函[2003]37號）。文件第二條規定了關于納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票所支付的貨款可否在企業所得稅稅前扣除的問題。文件依據《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發[2000]84號）第三條規定：“納稅人申報的扣除要真實、合法”，而虛開的增值稅專用發票不符合上述要求。因此，在計算應納稅所得額時，其購進貨物所支付的貨款不得稅前扣除。