國家稅務總局2009年1月4日下發《關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號），對企業工資薪金和職工福利費扣除有關問題進行了明確。

         新所得稅法實施后，工資薪金與職工福利費的稅前扣除問題與舊法有了許多變化。
 

        工資薪金支出，舊稅法對于內資企業實行計稅工資扣除制度，而外資企業采取據實扣除制度；新稅法統一采用據實扣除制度，規定企業發生的合理的工資薪金支出準予扣除，放寬了對工資薪金支出稅前扣除的限制。

        工資附加三費，長沙公司注銷，舊稅法規定對企業的職工福利費、工會經費、職工教育經費支出分別按照計稅工資總額的l4%、2%、l．5%計算扣除；新稅法考慮到計稅工資已經放開，故將“計稅工資總額”調整為“工資薪金總額”，相應提高了扣除額，并且為鼓勵企業加強職工教育投入，新稅法規定對企業發生的職工教育經費支出在不超過工資薪金總額2．5%的部分準予扣除，超過部分可在以后納稅年度結轉扣除。
 

        但是新稅法對工資及三費的扣除更多的是原則性規定。此次，國稅函[2009]3號發布規對工資薪金及福利費扣除的問題更加明確，對企業稅務和會計處理將產生重大影響。企業財務人員必須認真解讀該文件。

          一、生效時間追溯至2008年1月1日
      國稅函[2009]3號是有追溯既往的效果的，其執行時間與《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例同步。國稅函[2009]3號文件的時間是2009年1月4日，納稅人了解該文件詳細內容都在2009年1月8日以后，但是該文件的開始執行時間卻要提前到2008年1月1日。也就是說眼下正在開始進行的企業所得稅2008年度所得稅匯算清繳就可以直接適用該文件。

         納稅人應當關注該文件與企業已經執行完畢的2008年度財務賬目處理的差異，進行必要的納稅調整。

　　二、判斷合理工資薪金需把握五大原則
　　國稅函[2009]3號文件規定第一條規定，實施條例第三十四條所稱的“合理工資薪金”，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規定實際發放給員工的工資薪金。稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握：
        (一)企業制訂了較為規范的員工工資薪金制度；

        (二)企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平；
        (三)企業在一定時期所發放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的；
        (四)企業對實際發放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務。
        (五)有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。
        從稅務機關的判斷原則來看，這些規定首先沿襲了企業所得稅法及其實施條例的基本精神。國家稅務總局印發的《新企業所得稅法精神宣傳提綱》（國稅函[2008]159號）曾經對工資薪金支出的稅前扣除做出明確解釋，即：新企業所得稅法第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。據此，實施條例規定，企業發生的合理的工資薪金支出，準予扣除。同時將工資薪金支出進一步界定為企業每一納稅年度支付給在本企業任職或者受雇的員工的所有現金或者非現金形式的勞動報酬，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資，以及與任職或者受雇有關的其他支出。