2007年12月11號我曾經發表博文《計算小規模納稅人的偷逃增值稅額不能適用（國稅發[1994]59）號文件》，有不少朋友問我為什么，這是我在代理一個被稽查企業的案件中遇到的問題，在研究案件中提出了以上觀點，向稽查機關闡明理由，并向國家政策部門反映了我的觀點，這個案件最終圓滿結束。目前（國稅發[1994]59號文件正在修改之中，據說已經進入審核階段。 

我的觀點及理由如下：
案件假設：某商貿公司是增值稅小規模納稅人，稅務機關稽查出2001年、2002年的帳外收入沒有繳納增值稅，且這兩年的銷售收入均超過了180萬元的一般納稅人的標準，依照（國稅發[1994]59）文件第四條第二款：“對符合一般納稅人條件但不申請辦理一般納稅人認定手續的納稅人，應按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票”，因此，稽查機關認為自第二年二月份開始，被稽察單位的帳外收入應當按照17%的稅率計算繳納增值稅。

我認為被稽察企業的增值稅率應當適用4%，理由如下：
一、法律體系分上位法與下位法，下位法必須服從上位法。在有關增值稅的法律體系中，《中華人民共和國增值稅暫行條例》（國務院令[1993]134號）屬于上位法，《增值稅一般納稅人申請認定辦法》（國稅發[1994]59號）屬于下位法，增值稅暫行條例規定了小規模納稅人的征收率為6% （商貿零售企業現為4%），（國稅發[1994]59號）無權改變小規模納稅人的適用稅率。

二、每個法律文件都有一定的適用范圍，不是放之四海而皆準的，《增值稅一般納稅人申請認定辦法》（國稅發[1994]59號）的適用范圍是增值稅一般納稅人的申請認定管理程序，以及對于在申請認定中違反規定的處罰辦法。該文件不能適用于稅務稽查的處理。

三、國稅發[1994]59號文件的第四條第二款規定：“對符合一般納稅人條件但不申請辦理一般納稅人認定手續的納稅人，應按照銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票”。此條款是對符合一般納稅人條件應當申報卻不申報的納稅人的一種行政強制申報措施，不是對增值稅納稅人偷稅數額的認定及處罰辦法。

        每個增值稅納稅人的身份（一般納稅人或者小規模納稅人）的確定都必須履行一定的法律手續，（1）符合法定的條件，（2）納稅人申請，長沙代理記賬，（3）稅務機關審核認定，三個手續缺一不可。納稅人帳外收入應當按照其已經確定的身份和增值稅暫行條例規定的稅率計算繳納增值稅。一個小規模納稅人平時購貨不需要取得增值稅發票，將帳外收入按照17%的稅率征收增值稅顯然與《增值稅暫行條例》規定的納稅人的稅負相悖。

      國稅發[1998]66號文件是關于增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的計算，其適用對象是一般納稅人，其稅額計算方法符合《增值稅暫行條例》關于一般納稅人的應納稅額的計算方法，“偷稅額為賬外經營部分的銷項稅額抵扣賬外經營部分中已銷貨物的進項稅額后的余額”。

       假設某商貿公司是增值稅小規模納稅人，稅務機關稽查出2001年、2002年的帳外收入沒有繳納增值稅，且這兩年的銷售收入均超過了180萬元的一般納稅人的標準，如何計算其偷逃增值稅的應納稅額，目前普遍依據兩個不同的法律文件采用了兩種計算方法，且這兩種計算方法的結果相差好幾倍，直接關系到納稅人的利益問題，除了經濟利益，如果計算的結果達到了偷稅罪的標準，還要被移送司法機關追究刑事責任并處以一至五倍的罰金。
兩種計算方法舉例試算如下：

       假如該商貿公司2002年的年帳外收入是1000萬元，其中2002年元月份的帳外收入是80萬元，我們試算兩種方法下的偷稅額。
        第一種計算方法：
    （1） 80÷1.04×4%=3.08萬元
    （2）（1000-80）÷1.17×17%=133.68萬元
     合計：3.08萬元 +133.68萬元 =136.76萬元 

第二種計算方法：
    1000÷1.04×4%=38.46萬元

兩種方法計算結果相差100萬元之巨，足見對被稽查人的利害關系重大。