新企業所得稅法統一了內外資企業的納稅方式，規定了對境內設立不具有法人資格的居民企業，應該實行匯總納稅。由于實行了總分機構匯總納稅，可能會帶來部分地區稅源轉移問題，對稅源移出地財政有一定影響。對此，財政部、國家稅務總局、中國人民銀行聯合頒發了《關于印發<跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法)的通 知》(財預[2008]10號)以及與之相配套的《國家稅務總局關于印發(跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法)的通知》（國稅發[2008]28號）文件。規定居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立不具有法人資格的營業機構、場所的．該居民企業為匯總納稅企業應實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。所謂“就地預繳”．是指總機構、分支機構按規定分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。但對下列八種情況的分支機構無須就地預繳企業所得稅。

　　一、未納入中央和地方分享范圍的企業的分支機構無須就地預繳企業所得稅。繳納所得稅未納入中央和地方分享范圍的企業包括鐵路運輸企業（包括廣鐵集團和大秦鐵路公司）、國有郵政企業、中國工商銀行股份有限公司、中國農業銀行、中國銀行股份有限公司、國家開發銀行、中國農業發展銀行、中國進出口銀行、中央匯金投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司以及海洋石油天然氣企業（包括港澳臺和外商投資、外國海上石油天然氣企業）等。

　　二、對三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅。現有公司是實行一級法人，公司設立的分支機構中．二級分支機構大都是以分公司或辦事處形式出現．三級分支機構則是百分之百的辦事處形式。具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業所得稅：對總機構的二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不需就地預繳企業所得稅．其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構。

　　三、總機構設立具有獨立生產經營職能部門與管理職能部門不能分開核算的，不得視同一個分支機構，不就地預繳企業所得稅。如果該獨立生產經營職能部門的經營收入、職工工資和資產總額與管理職能部門分開核算的．可視同一個分支機構，應就地預繳企業所得稅。

　　四、不具有主體生產經營職能。且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等企業內部輔助性的二級及以下分支機構。不就地預繳企業所得稅。

　　五、上年度認定為小型微利企業的．其分支機構不就地預繳企業所得稅。《企業所得稅法實施條例》規定了小型微利企業的標準：工業企業．年度應納稅所得額不超過30萬元，從業人數不超過l00人，資產總額不超過3000萬元：其他企業，年度應納稅所得額不超過30萬元．從業人數不超過80人，資產總額不超過lO00萬元。因為總機構和分支機構應分期預繳的企業所得稅．50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳。對于小型微利企業企業如果也實行由分支機構預繳，很容易形成納稅人多繳稅款。同時，長沙公司注銷，對小型微利企業因為年度應納稅所得額不到30萬元，對分支機構預繳企業所得稅就失去了應有的意義。

　　六、新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業所得稅。根據國稅發[2008]28號文件規定，各分支機構應分攤所得稅款的比例是按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）分支機構的經營收入、職工工資和資產總額三個因素計算。對新設立的分支機構因沒有以前年度的有關信息，相應就無法計算新設立的分支機構應分攤所得稅款的比例。所以，對新設立的分立企業，在設立的當年不就地預繳企業所得稅，在次年方依法就地預繳企業所得稅。

　　七、撤銷的分支機構，撤銷當年的剩余期限內未預繳的企業所得稅，不再就地預繳。而由總機構將分支機構的清算所得并入總機構應稅所得，依法計算繳納企業所得稅，并且全部繳入中央國庫。

　　八、企業在中國境外設立的不具有法人資格的營業機構，不就地預繳企業所得稅。也就是說，對在中國境內設立的具有法人資格的居民企業，其在境外設立的非法人營業機構取得的所得，不實行預繳企業所得稅。