近日，《財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預〔2012〕40號，以下簡稱新辦法）下發，就跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法進行明確。該文件自2013年1月1日起執行。新辦法與《財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法〉的通知》（財預〔2008〕10號，以下簡稱原辦法）相比，主要有以下5個變化。

　　“三因素”確認的時間不同

　　原辦法規定，總機構在每月或每季終了之日起十日內，按照以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各省市分支機構的經營收入、職工工資和資產總額三個因素，將統一計算的企業當期應納稅額的50%在各分支機構之間進行分攤（總機構所在省市同時設有分支機構的，同樣按三個因素分攤）。

　　新辦法規定，總機構在每月或每季終了之日起十日內，按照上年度各省市分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素，將統一計算的企業當期應納稅額的50%在各分支機構之間進行分攤（總機構所在省市同時設有分支機構的，同樣按三個因素分攤）。

　　按照新辦法，三因素（營業收入、職工薪酬和資產總額）由原辦法規定的按以前年度改由按上年度來確定。同時，將原辦法的經營收入改為新辦法的營業收入，但該收入的界定范圍沒有發生改變。新辦法僅是明確讓渡資產使用權收入應計入營業收入，金融機構的營業收入范圍包括傭金收入。

　　匯總清算方式改變

　　原辦法規定，各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳，統一由總機構按照相關規定進行。總機構所在地稅務機關根據匯總計算的企業年度全部應納稅額，扣除總機構和各境內分支機構已預繳的稅款，多退少補。補繳的稅款由總機構全額就地繳入中央國庫，不實行與總機構所在地分享。多繳的稅款由總機構所在地稅務機關開具收入退還書并按規定辦理退庫。

　　新辦法規定，企業總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各境內分支機構已預繳的稅款，計算出應補應退稅款，分別由總機構和各分支機構（不包括當年已辦理注銷稅務登記的分支機構）就地辦理稅款繳庫或退庫。補繳的稅款按照預繳的分配比例，長沙公司注銷，50%由各分支機構就地辦理繳庫。多繳的稅款按照預繳的分配比例，50%由各分支機構就地辦理退庫。

　　按照新辦法，年度匯算清繳時，確定補退稅的方式也發生了改變。與原辦法規定，由總機構向總機構所在地主管稅務機關辦理改為由總機構和各分支機構就地辦理補退稅。

　　稅款繳庫程序改變

　　原辦法規定，總機構進行企業所得稅匯算清繳，按照匯總計算的企業年度全部應納稅額，扣除總機構和各境內分支機構已預繳的稅款，確定應繳應退稅款。補繳的稅款由總機構全額繳入中央國庫，多繳的稅款由總機構所在地稅務機關按規定辦理退庫。因此，對于企業所得稅匯算清繳結清的應繳應退稅款，是由總機構辦理申報，分支機構只需辦理預繳申報。

　　原辦法的預繳稅款繳庫程序規定為：分支機構分攤的預繳稅款由分支機構辦理就地入庫，總機構就地預繳稅款和總機構預繳中央國庫稅款由總機構合并辦理就地繳庫。

　　新辦法規定，分支機構分攤的預繳稅款、匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款）由分支機構辦理就地繳庫。總機構就地預繳、匯算補繳、查補稅款（包括滯納金和罰款）由總機構合并辦理就地繳庫。多繳的稅款由分支機構和總機構所在地稅務機關開具收入退還書并按規定辦理退庫。

　　由于新辦法改變了匯總清算方式，新辦法除了規定預繳稅款，還規定了匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款）的繳庫程序以及多繳稅款的退庫程序。

　　按照新辦法規定，分機構和總機構涉及的匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款），多繳稅款，應分別向分支機構和總機構所在地主管稅務機關辦理。

　　新辦法增加預算科目

　　原辦法對《2008年政府收支分類科目》101類“稅收收入”有關科目作如下修訂：（一）在10104款“企業所得稅”新增40項“分支機構預繳所得稅”、41項“總機構預繳所得稅”、42項“總機構匯算清繳所得稅”、43項“企業所得稅待分配收入”和相關目級科目。（二）在10105款“企業所得稅退稅”增設35項“跨省市總分機構企業所得稅退稅”。