合作建房，是指由甲方提供土地使用權，乙方提供資金合作建房的模式，目前的合作建房主要有四種模式，我們分別舉例來論述營業稅的處理辦法，給大家提供一個思路，由于本文屬于商榷性質，因此歡迎大家提出寶貴意見．
一、甲企業提供5000平方米的土地使用權，乙企業提供 2000萬元資金并負責施工。雙方協議，房屋建成后按5：5的比例分成，房屋分配完畢后，長沙公司注冊，甲方又將其分得房屋的50%出售，售價為800萬元，其余留作自用。
分析：根據《中華人民共和國城市房地產管理法》第32條規定：房地產轉讓、抵押時，房屋的所有權和該房屋占用范圍內的土地使用權同時轉讓、抵押．而第61條第2款又規定：在依法取得的房地產開發用地上建成房屋的，應當憑土地使用權證書向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請登記，由縣級以上地方人民政府房產管理部門核實并頒發房屋所有權證書．

由此可見，房屋產權是離不開土地使用權的，沒有所謂的只擁有房產權而不擁有土地使用權的＂空中樓閣＂．

我們注意到國稅函發[1995]156號《國家稅務總局關于印發<營業稅問題解答之一>的通知》第十七條規定的合作建房有這樣一句話＂土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了擁有部分房屋的所有權．＂對照城市房地產管理法不難發現其中矛盾之處，即不擁有土地使用權的房屋是不可能有房屋所有權的，則根本談不上以房屋所有權與土地使用權來交換之舉．

為此在國稅函[2005]1003號《國家稅務總局關于合作建房營業稅問題的批復》中規定：甲方提供土地使用權，乙方提供資金，以甲方名義合作開發房地產項目的行為，不屬于合作建房．

無獨有偶的是我們在國稅發[2009]31號《國家稅務總局關于印發<房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法>的通知》中發現了類似的影子，31號文第36條有如下規定：企業以本企業為主體聯合其他企業、單位、個人合作或合資開發房地產項目，且該項目未成立獨立法人公司的，如開發合同或協議中約定向投資各方（即合作合資方）分配開發產品的，如該項目已經結算計稅成本，其應分配給投資方開發產品的計稅成本與其投資額之間的差額計入當期應納稅所得額．如未結算計稅成本，則將投資方的投資額視同銷售收入進行相關的稅務處理．

因此乙企業支付的2000萬應視同甲企業的預收款項，而乙企業的建筑行為則可以理解為甲企業為建設單位,乙企業為建筑單位的承建模式．對甲企業銷售不動產營業稅在收到預收款時確認納稅義務發生時間，按５％的稅率計算銷售不動產營業稅2000*5%＝100萬元，而乙企業的建筑業營業額可以理解為乙企業先支付2000萬的購房款，爾后由甲企業支付給乙企業用于承建房屋，乙企業按建筑業３％稅率申報繳納營業稅，新營業稅暫行條例實施細則第２５條規定：納稅人提供建筑業或租賃業勞務，采取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天，因此乙方應當在與甲方簽訂合同時即確認建筑業應稅義務發生．申報交納建筑業營業稅2000*3%＝60萬元．

甲方在建成后又出售的50%部分應當按照銷售不動產征收營業稅800*5%＝40萬元．

二、甲方將土地使用權出租給乙方10年，乙方出資1000萬元委托某建筑公司在該土地上建造建筑物并使用，租賃期限滿后，乙方將土地使用權連同所建的建筑物歸還甲方。
分析：如例一所分析的那樣，乙方出資的1000萬元可以理解為租賃甲方建筑物的預付租金，根據新營業稅暫行條例實施細則第25條規定：納稅人提供建筑業或租賃業勞務，采取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款的當天，因此對甲方應當在建筑工程開工時視同收到租金，按服務業中的租賃業征收營業稅1000*5%＝50萬元．而乙方則根據與甲方簽訂的委托代建合同來確定稅目，根據國稅函發[1995]156號《國家稅務總局關于印發<營業稅問題解答之一>的通知》第七條規定，如果乙方承包建筑安裝工程業務，無論其是否參與施工，均應按建筑業稅目征收營業稅，如果乙方不與建設單位簽訂承包建筑安裝工程合同，只是負責工程的組織協調業務，對乙方此項業務按服務業稅目征收營業稅．

因此如果屬于前者，乙方按照1000萬元的總承包額減去分包額后余額作為建筑業營業稅的計稅依據，如果屬于后者，則只按從甲方取得的委托代理費作為服務業營業稅的計稅依據．