一、稅率的變動：

1、小規(guī)模納稅人增值稅征收率由原來的6%降低為3%(第12條) 。

2、購進農(nóng)產(chǎn)品采用收購發(fā)票的，按照農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和扣除率計算進項稅額，扣除率由10%提高到13%（第8條）。

3、礦產(chǎn)品增值稅稅率恢復(fù)到17%（根據(jù)國務(wù)院法制辦答記者）。

二、抵扣范圍的變化：
條例第10條是規(guī)范不得抵扣的進項稅項目的，修改后，

1、允許納稅人抵扣購進固定資產(chǎn)的進項稅額，刪除了有關(guān)不得抵扣購進固定資產(chǎn)的進項稅額的規(guī)定；

2、不得抵扣項目增加了條款：“國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的納稅人自用消費品”，根據(jù)國務(wù)院法制辦答記者的說明，“納稅人自用的消費品”是指，與企業(yè)技術(shù)更新無關(guān)且容易混為個人消費的自用消費品（如小汽車、游艇等）所含的進項稅額，不得予以抵扣。 

三、免稅項目的減少
取消了來料加工、來料裝配和補償貿(mào)易所需進口設(shè)備的免稅規(guī)定（原條例第16條第六項）。

 四、增值稅發(fā)票開票范圍擴大
擴大了開票范圍，將原條例第21條第二款（一）規(guī)定的不得開具增值稅發(fā)票的消費者范圍，長沙代理記賬，限定為個人，即只有消費者為自然人時才不得開具增值稅發(fā)票。 

五、新增了增值稅扣繳義務(wù)人的規(guī)定
1、第18條明確了：“境外的單位或者個人在境內(nèi)提供應(yīng)稅勞務(wù)，在境內(nèi)未設(shè)有經(jīng)營機構(gòu)的，以其境內(nèi)代理人為扣繳義務(wù)人；在境內(nèi)沒有代理人的，以購買方為扣繳義務(wù)人”，即境外的非居民在我國境內(nèi)“提供加工、修理修配勞務(wù)”的扣繳義務(wù)人。

2、第19條明確了：“增值稅扣繳義務(wù)發(fā)生時間為納稅人增值稅納稅義務(wù)發(fā)生的當天”。

3、第23條明確了：“扣繳義務(wù)人應(yīng)當向其機構(gòu)所在地或者居住地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納其扣繳的稅款”。 

六、納稅申報時間的變化
第23、24條，將納稅申報期限從10日延長至15日。 

七、各權(quán)力部門管理權(quán)限：
1、國務(wù)院的管理范圍：
第8、12、16條，準予抵扣的項目和扣除率由國務(wù)院決定；小規(guī)模納稅人征收率的調(diào)整，由國務(wù)院決定；增值稅的免稅、減稅項目由國務(wù)院規(guī)定 

2、稅總的管理范圍：
第9、13條，納稅人取得的扣稅憑證必須符合稅總的有關(guān)規(guī)定；一般納稅人資格認定辦法由稅總制定；

3、稅總與財政部共同管理范圍：
第10、11、17、22、25條，共同決定不得抵扣的納稅人自用的消費品范圍；共同規(guī)定小規(guī)模納稅人的標準；共同規(guī)定增值稅的起征點；共同批準企業(yè)總機構(gòu)和分支機構(gòu)由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅；共同制定出口貨物的退（免）稅具體辦法。 

4、實施細則的制定權(quán)尚未明確
取消了原條例的第二十八條：“本條例由財政部負責解釋，實施細則由財政部制定”的規(guī)定。