根據《國務院辦公廳關于全面治理拖欠農民工工資問題的意見》（國辦發【2016】1號）和《保障農民工工資支付條例》規定，在工程建設領域，鼓勵實行分包企業農民工工資委托施工總承包單位設立農民工工資專用賬記直接代發的辦法。

　　一、建筑工程項目的三種分類

　　根據建筑企業工程項目是否辦理農民工工資專用賬戶和實名制管理進行分類，建筑企業可以分為以下三大類。

　　第一類建筑工程項目：既辦理農民工工資專用賬戶又辦理農民工實名制管理的項目。主要是房建工程和市政工程。

　　根據《建筑工人實名制管理辦法（試行）》（建市【2019】18號）規定，建筑工人實名制管理辦法適用于房屋建筑和市政基礎設施工程。2020年5月1日實施的《保障農民工工資支付條例》規定，在建筑領域推行農民工工資專用賬戶管理，將農民工工資和非人工工程款分賬管理。因此，房建筑工程和市政工程必須是既要辦理農民工工資專用賬戶又要辦理農民工實名制管理的工程項目。

　　第二類建筑工程項目：既不要辦理農民工工資專用賬戶又不要辦理農民工實名制管理的項目。主要是地下管道工程、煤礦建設工程、石油化工煤氣建設工程、綠化工程、拆遷工程、爆破工程、家庭室內裝修工程等，以及以下不需要辦理《建筑工程施工許可證》的工程項目：工程投資額在30萬元以下或者建筑面積在300平方米以下的建筑工程，文物保護的紀念建筑物和古建筑等的修繕，搶險救災及其他臨時性房屋建筑和農民自建低層住宅的建筑活動。

　　第三類建筑工程項目：必須要辦理農民工工資專用賬戶但不要辦理農民工實名制管理的項目。主要是國家交通工程、水利水電工程、國家電網工程。

　　從以上三類建筑工程項目的劃分來看，建筑公司掛靠勞務公司開具發票主要適用于第二類、第三類建筑工程項目，第一類建筑工程項目完全不適用掛靠勞務公司開具發票入成本。

　　二、設立農民工工資專用賬戶的建筑企業總承包方與農民工簽訂勞動合同（適合第一類建筑施工項目）直接發放農民工工資的財稅處理

　　1、農民工個稅的扣繳義務人和申報繳納地點

　　根據《中華人民共和國勞動合同法》的規定，設立農民工工資專用賬戶的建筑企業總承包方與農民工簽訂勞動合同（適合第一類建筑施工項目），則農民工與建筑企業構成雇傭與被雇傭的勞動關系。《中華人民共和國個人所得稅法》第九條、《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2018年第61號）個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人；扣繳義務人，是指向個人支付所得的單位或者個人，扣繳義務人向居民個人支付工資、薪金所得時，應當按照累計預扣法計算預扣稅款，并按月辦理扣繳申報。因此，如果建筑企業與農民工簽訂勞動合同，農民工的個人所得稅的扣繳義務人是設立農民工工資專用賬戶的建筑企業總承包方。根據（國家稅務總局2015年公告第52號文件）的規定，跨省、直轄市異地工程作業人員和本省跨市、縣（區）工程作業人員，包括農民工的個人所得稅申報繳納地點在工程作業所在地稅務機關。當然也有的地方稅務局規定，本省跨市、縣（區）工程作業人員包括農民工的個人所得稅申報繳納地點在建筑企業機構注冊地稅務機關。

　　2、農民工個稅的征收方式：核定征收個人所得稅和查賬征收個人所得稅

　　（1）第一種班組長和農民工個稅的處理方法：核定征收工程項目部作業人員個人所得稅。

　　如果勞務工程所在地稅務主管部門針對跨省異地施工或省內異地施工的勞務公司按照勞務公司經營收入或勞務公司不含增值稅的開票金額的一定比例，例如廣東省、江蘇省規定是0.4%，浙江省規定是0.5%，青島市規定0.5%，湖北省規定0.6%，深圳市規定0.2%，代征工程項目的管理人員、技術人員和其他工作人員（包括農民工）的個人所得稅，則勞務公司必須索取稅務局開具的一份“中華人民共和國稅收完稅證明”，特別提醒：該“中華人民共和國稅收完稅證明”上的第二列“稅種”欄填寫“個人所得稅”，第三列“品目名稱”欄填寫“工資薪金所得”字樣，而不是填寫“個人承包承租經營所得”字樣。根據國家稅務總局2015年公告第52號文件的規定，建筑企業在公司注冊地憑借農民工工地上真實的工資表（注意：不要都是每月每人5000元，而是如實的工資數額，必如：6000元，7000元，10000元）入工資成本，建筑企業總承包方不需要在工程所在地稅務局通過個稅申報系統進行全員全額申報農民工個人所得稅。