隨著我國《合伙企業法》的實施及修改，尤其《民法總則》的頒布，合伙企業作為獨立的民事主體已無爭議。而根據我國目前相關稅法的規定，對所得稅而言，合伙企業卻不是納稅主體，其合伙人是合伙企業的所得稅納稅主體。合伙企業作為民事主體與所得稅的納稅主體，其人格卻是分裂的。這樣立法有諸多合理性考量。但目前關于合伙企業所得稅政策的規定，卻存在許多不明晰甚至爭議的問題。在實踐中，不同的稅務機關對此也存在操作不一的情形，導致政策的適用具有不確定性，也讓人感覺缺乏嚴肅性。而其中關于合伙企業投資收益所得稅的處理就存在這樣的問題。這主要涉及兩個方面的問題：

　　第一，關于合伙企業取得的利息、股息、紅利所得所得稅的處理問題。根據《國家稅務總局關于〈關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定〉執行口徑的通知》（國稅函〔2001〕84號）的規定，合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。這一規定涉及三個相關聯的問題。一是合伙人取得的利息、股息、紅利所得計算繳納個人所得稅時，合伙企業對外投資時所產生的相應費用是否可以扣除。即合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利穿透合伙企業直接分回給合伙人時，其相應的費用是否也可以分回給合伙人？對此存在爭議；二是合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利穿透合伙企業直接分回給合伙人時，對于法人合伙人而言，是否可以視為在國內的直接投資收益而享受免稅的優惠？該文件也沒有對此作出明確規定。三是合伙企業投資收益直接穿透到合伙人征稅，如果合伙人是自然人，扣繳義務人是誰？對此，也沒有明確的規定。

　　第二，關于合伙企業轉讓股權取得的收益，其所得稅如何處理的問題。這主要表現為合伙企業轉讓股權所得是作為轉讓財產所得還是作為合伙企業經營所得？如果作為轉讓財產所說，這種所得是否也可以直接穿透合伙企業連同相應成本、費用、虧損分給合伙人？所有上述問題，我國目前的相關稅收政策的規定，有的規定不明確，有的規定不合理，導致爭議較大。在稅收政策的具體適用時也存在不統一的情形。納稅人和征收機關對此都不滿意，需要從立法的層面予以解決。但從立法的邏輯而言，設計法律制度之前，卻需要理論的指導。因此，有必要對上述問題更多地從理論層面進行分析。

　　一、作為民事主體的合伙企業的法律地位

　　合伙是指兩個或者兩個以上民事主體根據合伙協議，共同出資、合伙經營、共享收益、共擔風險的盈利性組織。一個民事主體從事生產經營，必須具備資金、實物、人力、技術等各種生產經營的要素。當一個個體不能同時具備所有生產經營的要素時，就需要尋找合伙人共同出資、共同經營。各合伙人各自發揮自己的優勢配置生產經營要素，實行合伙經營的方式。這就是早期合伙經營組織的產生。而在當代，為了社會融資和自身盈利的需要，集合資金對其他民商事主體進行投資，便產生了私募股權投資基金的組織形式。包括公司制、有限合伙制以及信托制模式三種模式。而其中最為典型的形式是有限合伙制私募股權投資基金。

　　我國2007年修訂后的《合伙企業法》第二條明確規定，我國的合伙企業包括有限合伙企業。而且在第三章專設一章對有限合伙企業法律制度予以了明確規定。有限合伙企業只要依法登記之后，就具有獨立的民事主體資格。2017年10月1日起施行的《民法總則》，也明確給予了合伙企業不同于自然人和法人的法律地位。因此，有限合伙制私募基金作為一種以對外投資為主業的有限合伙企業，依法登記之后，其法律主體資格是毋容置疑。

　　但根據合伙企業的法律特征，雖然《合伙企業法》、《民法總則》賦予了合伙企業法律主體資格，即合伙企業能夠以自己的名義對外與其他民事主體發生的各種法律關系，有其獨立的人格、獨立意志、一定程度獨立的財產，但合伙企業并非一個完全獨立的民事法律主體。有學者稱之為特殊的民事主體。①主要體現為不能完全獨立對外承擔法律責任。由于合伙企業只是具有一定程度獨立的財產，并沒有從實質上與合伙人的財產完全分離，因此，長沙公司注冊，合伙企業并不能完全獨立對外承擔法律責任，各合伙人為合伙企業對外依然承擔無限連帶責任（有限合伙人除外）。合伙企業的這一特殊性是其所得稅的處理有別于公司制企業而具有獨特特征的真正原因。