土地增值稅作為我國稅收收入的重要組成部分，隨著房地產開發熱潮的興起，以土地投資入股合作開發的模式也越來越常見，但土地成本在土地增值稅清算時常常產生稅企爭議和沖突。

　　2016年全面“營改增”后，土地增值稅作為地稅機關一個重要稅收來源顯得越來越重要，部分房地產投資較大的地區對其依賴也越來越深。

　　一、基本情況

　　甲公司(投資方)2004年以評估的國有土地使用權(以下簡稱“土地”)公允價值對乙公司(被投資方，房地產開發企業)進行股權投資，于當年辦理好產權轉讓手續。乙公司在取得投資入股的土地后，于2007年在土地上進行房地產項目開發，2015年稅務機關對其所開發的房地產項目進行土地增值稅清算。

　　二、爭議分析

　　在土地增值稅清算過程中，稅企雙方對乙公司取得的入股作價土地成本計價產生兩種不同觀點。

　　觀點一認為乙公司土地應以投資入股前甲公司的地價款和繳納的有關費用作為計價成本。理由如下：

　　（一）乙公司取得入股作價土地時，當時根據(財稅字[1995]48號)第一條“對于以房地產進行投資、聯營的，投資、聯營的一方以土地(房地產)作價入股進行投資或作為聯營條件，將房地產轉讓到所投資、聯營的企業中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯營企業將上述房地產再轉讓的，應征收土地增值稅”的規定，暫免征收土地增值稅，土地增值收益部分國家未參與分配，現在公司將土地開發房地產項目后轉讓，應對土地增值收益中國家未參與分配部分征收土地增值稅。

　　（二）借鑒(財稅[2006]21號)第五條“對于以土地(房地產)作價入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》(財稅字[1995]48號)第一條暫免征收土地增值稅的規定”的規定，乙公司在土地上開發房地產項目后再轉讓并申報繳納土地增值稅時，應以投資入股前甲公司的地價款和繳納的有關費用作為乙公司“取得土地使用權所支付的金額”扣除。

　　觀點二認為乙公司土地應以投資入股時的評估入股價格和乙公司辦理產權轉讓時繳納的有關費用作為計價成本。主要理由如下：

　　（一）乙公司在進行土地產權過戶時已按土地投資入股時的評估入股價格繳納了契稅，乙公司的土地入股成本有稅務機關的認可。

　　（二）乙公司在取得甲公司投資入股土地時，根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第二條“轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物(以下簡稱轉讓房地產)并取得收入的單位和個人，長沙工商稅務，為土地增值稅的納稅義務人(以下簡稱納稅人)，應當依照本條例繳納土地增值稅”的規定，土地投資入股時土地增值稅的納稅義務人為甲公司，甲公司根據當時在生效期的(財稅字[1995]48號)第一條的規定，暫免征收土地增值稅。甲公司和乙公司作為兩個獨立的法人，不能因甲公司在投資時根據當時生效的規定暫免征收土地增值稅，在轉讓開發后就把暫免征的土地增值稅轉嫁到乙公司，從而否定甲公司和乙公司作為兩個獨立法人依法承擔自身納稅義務的責任。因此，如果確需要追繳相關稅費，稅務機關也只能向甲公司追繳。

　　（三）借鑒個人轉讓住房時土地增值稅的相關政策，根據(財稅[2008]137號)第三條“對個人銷售住房暫免征收土地增值稅”的規定，個人在此規定的有效期內銷售住房暫免征收土地增值稅，如果此后規定中的“個人銷售住房暫免征收土地增值稅”條款失效，個人再次轉讓住房時，稅務機關是否還需要按第一次暫免征土地增值稅前的房產原值作為成本扣除來計算征收土地增值稅。此時不管從實際實施的角度還是從信賴保護原則及實體法律法規從舊的原則出發，都不應再按第一次暫免征土地增值稅前的房產原值作為成本扣除來計算征收土地增值稅，而應按再次轉讓前取得的房產成本來計算征收土地增值稅。

　　（四）雖然(財稅[2006]21號)第五條對(財稅字[1995]48號)第一條進行補充修改。但根據(財稅[2006]21號)第六條“本文自2006年3月2日起執行”的規定，沒有要求對(財稅字[1995]48號)第一條已實際發生的業務進行納稅追溯調整。