研發費用加計扣除與高新企業認定之間存在著這樣的辯證關系：能加計扣除的企業不一定是高新技術企業，但高新技術企業必然有研發費加計扣除項目。

由于高新企業同時享受加計扣除的優惠，兩者的歸集口徑容易就混淆了。高新技術企業的研發費用范圍一般大于研發費加計扣除的范圍。比如說折舊費，對于建筑物的折舊費不能加計扣除，而高新可以。對于經營租賃費加計扣除只允許用于研發的儀器、設備租賃費，廠房不可以加計，而高新可以。高新研發費用包括裝備調試費用，田間實施費，加計扣除不包括。高新研發費用包括通訊費，加計扣除也不包括。委托研發的，高新包括委托境內外研發，而加計扣除只能是委托境內機構或個人。其他相關費用高新規定不得超過研究開發總費用的20%，而加計扣除規定是不得超過10%。高新的研發費用口徑不包括職工福利費，補充養老和補充醫療保險，而研發費用加計扣除可以。對研發人員的定義，高新研發費用只要是企業科技人員都可歸集，加計扣除必須是直接從事研發活動的人員。不過，對科技人員，高新要求累計實際工作時間在183天以上，而加計扣除沒有這個要求。

為了閱讀更直觀，長沙工商稅務，制作了下表，共有8個不同點。

主要差異

 

高新研發費用

 

研發費用加計扣除

 

其他相關費用

 

不超過研究開發總費用的20%。包括通訊費

 

不得超過可加計扣除研發費用總額的10%。不包括通訊費。

 

委托研發

 

包括委托境內外研發

 

只允許委托境內機構或個人進行研發。

 

折舊費

 

用于研究開發活動的儀器、設備和在用建筑物的折舊費

 

不包括建筑物的折舊費

 

長期待攤費用

 

是指研發設施的改建、改裝、裝修和修理過程中發生的。

 

不包括

 

部分研發活動

 

企業在商品化后為顧客提供的技術支持活動。對現存產品、服務、技術、材料或工藝流程進行的重復或簡單改變。市場調查研究、效率調查或管理研究。作為工業（服務）流程環節或常規的質量控制、測試分析、維修維護。

 

不包括

 

人員人工費用

 

研發人員定義：企業科技人員，要求累計實際工作時間在183天以上。不包括職工福利費、補充養老和補充醫療保險。

 

直接從事研發活動人員。職工福利費、補充養老和補充醫療在其他相關費用加計扣除

 

經營租賃費

 

用于研發的固定資產租賃費均可歸集，例如廠房。

 

只允許用于研發的儀器、設備租賃費。

 

調試費與實驗費

 

包括裝備調試費用，田間實施費

 

不包括